El Instituto actúa bajo la vigilancia y orientación política del Ministerio italiano para el Medio Ambiente y la Protección de la Tierra y el Mar. ISPRA realiza, con los recursos financieros inherentes, equipo y personal, las funciones de los organismos:
- ex-APAT, Agencia Italiana de Protección al Medio Ambiente y Servicios Técnicos.
- ex-INFS, Instituto Nacional de Fauna Silvestre.
- ex-ICRAM, Instituto Central de Investigaciones Científicas y Tecnológicas aplicado al Mar.