Institución independiente formada en 2005 por la fusión de dos organizaciones semi gubernamentales anteriores: La PNC y JAERI, también heredó el sobrenombre de JAERI, `Genken`原研, una palabra abreviada de investigación nuclear. En 2007, JAEA se unió oficialmente a la Alianza de la GNEP. los otros miembros de la Alianza son Areva, Washington Group International y BWX. Se espera que la experiencia acumulada en la planta de enriquecimiento de la centrifugadora de Rokkasho será una contribución clave de JAEA. En 2016, JAEA había transferido algunos de sus laboratorios para el Instituto Nacional de Ciencias radiológicas (NIRS), y el cuerpo NIRS fue retitulado a los institutos nacionales de Quantum y radiológicas de la ciencia y tecnología (QST) que incluye los laboratorios de la NIRS.
